1128 stifteten Graf Widukind I. von Schwalenberg und seine Gattin Lutruth die Abtei. Zum Fest Marie Himmelfahrt 1128 weihte Bischof Bernhard I., ein Neffe Widukinds, Kloster und Kirche zu Ehren der Hl. Jungfrau Maria des Hl. Apostels Jakobus d. Ä. und des Hl. Christopherus. Die geistliche Betreuung übernahmen 12 Mönche aus der Benediktinerabtei Corvey.
Die Grafen von Schwalenberg blieben ihrer Familienstiftung verbunden und förderten das Kloster auch in den nachfolgenden Jahren durch Vermächtnisse und Liegenschaften. Die Abtei erlebte eine wechselvolle Geschichte. Eine Blütezeit erreichte das Kloster im 12. und 13. Jahrhundert.
Ein wirtschaftlicher und kultureller Niedergang setzte im 15. Jahrhundert ein. Auch das klösterliche Leben in der Abtei war davon stark betroffen. Durch den Anschluß an die Busfelder Kongregation erlebte das Kloster eine neue Blütezeit. Zucht und Ordnung kehrten ins Kloster zurück.
Von der Reformation blieb das Kloster nicht unberührt. Vor allem der Adel trat für die neue Glaubensrichtung vehement ein. Insbesondere die Familie von Oeynhausen beteiligte sich an der Verfolgung des Klosters und der Religion, die später zu erbitterten Besitzstreitigkeiten führten und erst nach Edikt Kaiser Karls V. 1550 behoben waren.
Leid und Verwüstung brachte der 30-jährige Krieg, z. B. mit den Überfällen des Tollen Christian 1622 und 1626. Nach dem Bericht des kaiserlichen Notars Daniel Kroes vom 16. Juni 1626 stellten seine Soldaten in Kirche und Kloster 1.500 Pferde ab, zerschlugen wertvolle Einrichtungsgegenstände und vernichteten Paramente, Urkunden und die Bibliothek. Von 1641-46 belagerten plündernde schwedische und hessische Truppen das Kloster. Übrig blieben größtenteils Trümmer.
Der Wiederaufbau der Abtei erfolgte ab 1661 unter dem Abt Ambrosius Langen. Das Westwerk der Abteikirche Marienmünster ist eine Nachahmung des Westwerks des Klosters Corvey. Abt Ambrosius Langen ließ nach der Zerstörung die Kirche durch Ludwig Baer aus Lügde als Hallenkirche wiederaufbauen. Von dem alten romanischen Bau blieben nur das Mittelschiff, das Querschiff, der Vierungsturm und die Westtürme bestehen. Die in der Breite des Mittelschiffes noch errichteten Seitenschiffe stehen mit ihren Außenwänden, mit der Nord- bzw. Südwand der Querschiffarme in einer Flucht, so dass eine geschlossene Wandfläche entstand. Das Querschiff hatte seine Bedeutung verloren und bildet mit dem Schiff und den Seitenschiffen die geschlossene Einheit einer Hallenkirche. Zur besseren räumlichen Abstimmung wurde der Fußboden um ca. 80 cm tiefgelegt, so dass die Kirche eine neue Scheitelhöhe der Gewölbe auf 11,40 m erreichte. Der neu erbaute Chorraum ist mit einer Scheitelhöhe der Gewölbe von 14,10 m und einer Breite von 11,55 m groß angelegt. Die dreiteiligen Rundbogenfenster verleihen dem Innenraum der Kirche einen hellen Charakter. Infolge des neuen großen Chores ist 1679 der romanische Vierungsturm aufgestockt und mit einem neuen barocken Helm versehen worden.
1745 wurden auch die Türme des Westwerks erhöht und mit barocken Hauben versehen. Mitte des 19. Jahrhunderts zeigten sich an der Kirche erhebliche Bauschäden. So entschloss man sich 1854 zum vollständigen Abbruch und Neubau des südlichen Seitenschiffes und beider Westtürme. Die Türme wurden als selbständiges Bauelement nach dem Vorbild der St. Kiliankirche in Höxter neu errichtet und der Zwischenbau mit einer Zwerggalerie versehen. Die barocken Turmhauben ersetzte man durch gotische Spitzhelme. An die Stelle des barocken Daches mit seinen vier Giebeldächern über dem Seitenschiff kam ein geschlossenes Satteldach, das alle drei Schiffe deckte. Ende des 17. Jahrhunderts wurde das Gotteshaus mit prächtigen barocken Ausstattungsstücken versehen. Paul Gladbach aus Rüthen (Möhne) fertigte 1682 den neuen Hochaltar, 1683 den dem Hl. Joseph geweihten Pfarraltar, 1684 den Michaelsaltar.
Die Farbfassung des Hochaltars erfolgte ab 1698 durch den Meister Berning aus Kahlenhardt im Sauerland. Das Altarbild ist mit 1698 datiert, im linken Seitenschild der Michaelsaltar mit 1684.
Aus der ursprünglichen Kirche erhalten ist ein spätgotisches Vesperbild. Die wertvolle Pietà, die um 1500 von dem Mönch Wiggerinck geschaffen wurde, wird als „Gnadenbild“ verehrt. Sie steht heute in einem barocken Gehäuse.
Der Chorraum wird vom Kirchenschiff durch ein großes Gitter abgeschlossen, das 1693 der Klosterschmied Hans Pieperling in filigranartiger Manier fertigte. Das Gestühl stammt aus der Zeit um 1680 und wurde für den neugotischen Chorraum maßgerecht gefertigt. Ursprünglich befanden sich im Chorgestühl Darstellungen von Heiligen, die zum Benediktinerorden einen Bezug hatten. Sie wurden 1907 durch Figuren der zwölf Apostel sowie des Hl. Bonifatius und Hl. Liborius ersetzt. Die alten Statuen waren so schadhaft, dass sie ausgetauscht werden mussten. Ein besonderes Prunkstück der Abteikirche ist die große Barockorgel. Der weitbekannte Lippstädter Meister Johann Patroclus Möller fertigte die Orgel im Jahre 1737. Die Vorgängerorgel, ein Werk Andreas Schneiders, ging für 200 Taler an die Bendiktinerinnenabtei Gehrden, wo sie heute noch steht. Abgestimmt auf das Kirchenschiff baute Möller die heute größte erhaltene Barockorgel Westfalens, dessen wuchtige Pedaltürme vor den Pfeilern angebracht sind und in das Gotteshaus ragen. 42 Register sind auf Hauptwerk, Rückpositiv, Brustwerk und Pedal verteilt. Die ursprünglich auf Springladen gesetzten Werke stehen heute auf Schleifladen. Der einmalige Klang der Orgel und der seltene Farbreichtum der Soloregister mit dem breitfundierten Plenum in einer typisch barocken Klangkrone wird von Fachleuten sehr gerühmt. Namhafte Organisten geben auf ihr regelmäßig Konzerte, die auch im Rundfunk übertragen werden.
Erneut zerstört wurden die Existenzgrundlagen des Klosters Marienmünster im Siebenjährigen Krieg (1756-63). Von den Kämpfen zwischen Rhein und Weser, die Preußen mit den verbündeten Engländern, Hannoveranern und Braunschweigern unter dem Oberbefehl des Herzog Ferdinand von Braunschweig gegen die Hessen und die Franzosen führte, kam es auch hier zu zahlreichen Gefechten und vielen Truppenbewegungen, die Einquartierungen, Lebensmittellieferungen, Leistungen von Vorspanndiensten, Gestellen von Arbeitskräften und anschließend hohe Reparationen mit sich brachten. 1757 rückten etwa 200 Husaren und 300 Fußsoldaten in Marienmünster ein. Im Gebiet um Marienmünster bezogen 6.000 Pfälzer und 2 Bataillone Österreicher und Franzosen Stellung. 1760 suchten Braunschweiger und Hannoveraner das Kloster heim. Das Kloster verwandelte sich in einen Pferdestall. Die Soldaten raubten und plünderten, schlachteten Rinder, Schafe und das Geflügel. 1761 kam es im Gebiet um Marienmünster zu einem Gefecht mit erheblichen Zerstörungen. 90 Seiten beanspruchte der Bericht des Abtes von Marienmünster über die Geschehnisse in und um Marienmünster und die Zahlungen, die dem Kloster abverlangt wurden. Zum Ende des Siebenjährigen Krieges war die wirtschaftliche Lage des Klosters zerstört, die Felder verwüstet. Hinzu kam, dass bei einer Kuhpest der Viehbestand erheblich zurückgegangen war. Nach anhaltender Trockenheit in der zweiten Hälfte des Jahres 1766 gab es mehrere Missernten. Die Bevölkerung verarmte, der Hunger war groß; das Kloster versuchte zu helfen, wo es eben möglich war.
Den tiefsten Einschnitt in die 800-jährige Geschichte der Abtei brachte und hinterließ die Säkularisation 1803. Auf königliche Kabinettorder vom 10. März 1803 wurde das Kloster aufgehoben, die Mönche mit einer Pension entlassen und aller Klosterbesitz eingezogen. Zum Zeitpunkt der Säkularisierung gehörten dem Konvent 39 Mönche an, von denen 16 seelsorgerische Aufgaben wahrnahmen. Alle weltlichen Güter und Besitzungen fielen an den preußischen Staat, und dies war nicht wenig. Im Laufe der Jahrhunderte waren die Güter durch Schenkungen, Ersitzungen und Erwerb auf 627 Morgen, 171 Morgen Weideland, 9 Morgen Gärten und ca. 1.250 Morgen Forst angewachsen. Der preußische Staat veräußerte diesen Besitz je zur Hälfte an einen katholischen und einen evangelischen Interessenten, um sich in der Glaubensfrage neutral zu verhalten. Die Kirche blieb als Pfarrkirche für die katholische Gemeinde bestehen. Die weiter noch vorhandenen Bücher, das Altarsilber im Wert von 1.652 Taler, 8 große und 39 kleine Gemälde und 34 Portraits ehemaliger Äbte wurden meist in Hildesheim verkauft und versteigert. Das Aktenmaterial aus der Zeit nach dem 30-jährigen Krieg wurde dem Generalvikariat in Paderborn zugestellt, wo es sich heute noch befindet.
Da bei Auflösung des Klosters die Pfarrei bestehen blieb, konnten zwei Mönche ihre Arbeit fortsetzen. Die seelsorgliche Betreuung der umliegenden Pfarreien übernahmen Diözesanpriester.
Nachdem im Unabhängigkeitskampf in Indonesien 1957 die Regierung von Indonesien ein Visaverbot für holländische Missionare und Ordensleute erließ, bot die Deutsche Bischofskonferenz den holländischen Orden und Kongregationen an, in Deutschland Niederlassungen zu gründen. So ging auch das Angebot des Generalvikariats in Münster an den Orden der Passionisten. Die Patres aus Holland errichteten zwei Niederlassungen. Mitte der 1960er Jahre suchte das niederländische Provinzialat eine weitere Möglichkeit, sich in Deutschland niederzulassen. Diesmal bot sich der damalige Erzbischof Lorenz Kardinal Jäger an, ihm bei der Suche nach einer Niederlassung in ländlicher Umgebung behilflich zu sein.
Das Erzbischöfliche Generalvikariat Paderborn trug nach einem Fehlversuch das ehemalige Kloster Marienmünster mit den umliegenden Pfarreien den Patres an. Die Passionisten waren mit dem Standort einverstanden, entsprach er doch ihren Vorstellungen, zumal der Gründer der Kongregation, der Hl. Paul vom Kreuz, besonders die Seelsorge in armen, ländlichen Pfarreien betrieben hatte. Im Mittelpunkt der Spiritualität der Passionisten stand daher noch bis 2013 die Seelsorge an armen und leidenden Menschen. Die Patres nahmen an, gründeten jedoch keine Ordensniederlassung im üblichen Sinne. Vielmehr schloss das Erzbischöfliche Generalvikariat mit den Patres einen Dienstleistungsvertrag. Jeder Passionistenpater übernahm eine in diesem Vertrag festgelegte bestimmte seelsorgliche Aufgabe in dem Gebiet um Marienmünster. Da nach dem Konkordat Pfarrer deutscher Nationalität sein müssen, konnten die Pfarreien und Pfarrvikarien den holländischen Patres nur kommissarisch übertragen werden. Sie arbeiteten damit als sogenannte Pfarrverweser in Marienmünster und Umgebung. So waren seit 1965 zunächst unter dem Dechanten Anton Schlüter und seit 1967 allein Passionisten in und um Marienmünster tätig.
Mit dem Wegzug der letzten verbliebenen Passionisten in die Nähe von Aachen hatte sich der Pastoralverbund Marienmünster dazu entschlossen, den Herausforderungen der Zukunft gemeinsam entgegenzutreten und eine neue Form von Gemeindearbeit zu wagen. Mit der Pfarrgemeinderatswahl vom 10.11.2013 wurde ein Gesamtpfarrgemeinderat installiert, um gemeindeübergreifend aktiv zusammenzuarbeiten. Als Pfarrer war seitdem Stefan Siebert für den Verbund tätig, der Marienmünster aber nach nur einem Jahr wieder verlassen hat. Zum danach gebildeten Pastoralen Raum Steinheim-Marienmünster-Nieheim gehören u. a. die Ortschaften Born, Bremerberg, Großenbreden, Hohehaus, Kleinenbreden, Löwendorf, Münsterbrock und Papenhöfen. Weiter betreut werden die Kirchengemeinden Vörden-Eilversen und Altenbergen.
Der kulturelle Mittelpunkt der Abtei ist ungebrochen und zeigt sich so weiterhin auch nach außen.