Das Kloster besaß nachweislich schon früh Orgeln: die erste wurde im Jahre 1536 erbaut und 1626 zerstört.
Nach den Zerstörungen des Inventars und der alten Orgel im 30-jährigen Krieg entscheidet sich der Konvent unter Abt Ambrosius Langen im Jahre 1677 zu einem vollständigen Orgelneubau, den der Höxteraner Orgelbauer Andreas Schneider bis 1679 ausführt. Nun werden 12 Register auf einer Springlade angefertigt. Diese Register bilden bis heute die Basis für das Instument, welches 1737 an das Kloster nach Gehrden verkauft wird, wo es auch heute noch, allerdings mit 26 Registern, erklingt.
Der Lippstädter Orgelbaumeister Johann Patroclus Möller (1698–1772) erhält neben dem Auftrag zu einem Neubau für Marienmünster die Aufgabe, das alte Instrument auszubauen, mit einem Pedal zu versehen und in Gehrden aufzustellen. So findet sich in der Klosterregion die seltene Gelegenheit, zwei Generationen barocker Orgelbaukunst in Klang und Gestalt erleben zu können.
Mit dem Neubau in Marienmünster werden alle Dimensionen gesprengt. 42 Register auf drei Manualen zeugen von dem Reichtum, den das Kloster als Krönung und Abschluss der Jahrzehnte andauernden Baumaßnahmen in klanglicher Hinsicht erleben wollte.
Da dieses barocke Juwel sowohl die Säkularisation als auch die Kriege und andere Umstände überstanden hat, darf man mit Recht behaupten, dass dieses Instrument in seiner einzigartigen Harmonie mit dem Raum und dem historischen Klangbild zum Schönsten und Wertvollsten gehört, was es heute in Westfalen gibt. Ihr heutiger Zustand wurde durch eine umfangreiche Restaurierung von 2010-2012 durch die Manufacture d’Orgues Muhleisen hergestellt. Ziel der gesamten Maßnahme war die Wiederherstellung der Orgel und die Rückführung auf den vermutlichen Originalzustand. Zur Weihe der Orgel am 23.11.2012 wurde eine informative Festschrift herausgegeben, der viele historische und aktuelle Details über Verlauf der Restaurierung, Zustand und Disposition der Orgel entnommen werden können: Festschrift